大明寺，因初建于南朝宋孝武帝大明年间（457—464年）而得名，曾是鉴真居住和讲学之所，古有“扬州第一名胜”之说。
1500余年来，寺名多有变化，如隋代称“栖灵寺”、“西寺”，唐末称“秤平”等。据《旧五代史》载，公元887年，庐州刺史杨行密与宣州刺史秦彦对战时，在此扎营。明万历年间，扬州知府吴秀重建大明寺，崇祯十二年漕御史杨仁愿再次重修。清代因讳“大明”二字，一度沿称“栖灵寺”。清康乾盛世，大明寺扩建为扬州八大名刹之首。清乾隆三十年（1765年），乾隆巡游扬州，亲笔题书“敕题法净寺”。咸丰三年（1853年），太平军占领扬州，法净寺毁于战火之中。同治九年（1870年），重建法净寺。1980年，1980年，为迎接鉴真大师像从日本回扬州“探亲”又将“法净寺”复名为“大明寺”。
隋朝仁寿元年（601年），皇帝杨坚为庆贺其生日，下诏于全国建塔30座，以供养佛骨，该寺建“栖灵塔”，塔高九层，是九五之尊的皇家宝塔，宏伟壮观，被誉为“中国之尤峻特者”，故寺又称“栖灵寺”。唐会昌三年（843年），栖灵塔遭大火焚毁。后经僧人募化重建，但屡有圮废。1988年奠基重建，1995年新塔落成。
唐朝鉴真法师曾任大明寺住持，唐天宝二载（743年），律学高僧鉴真大师应日本僧人荣睿、普照的邀请，为弘扬佛法，历经十年艰险，先后五次失败，终在唐天宝十二年-日天平胜宝五年（753年）东渡日本，使大明寺成为中日佛教文物关系史上的重要古刹。
大明寺前的广场，迎面是一座庄严典雅的牌楼，为纪念栖灵塔和栖灵寺而建，四柱三楹，下砌石础，仰如华盖。中门之上面南有篆书“栖灵遗址”四字，为清光绪年间盐运使姚煜手书。
牌楼前面南而踞的一对石狮格外引人注目，石狮按皇家园林规格雕镌，造型雄健，正头，蹲身，直腰，前爪平伏，傲视远方。它们是扬州名刹重宁寺的古老遗物，60年代移至此处。
山门外东偏壁上，面南嵌着一方石刻，上有擘窠书“淮东第一观”五字。此碑石立于清雍正年间，由扬州知府高士钥提议，用宋代著名诗人秦少游赞颂大明寺景观的句意书刻，字由金坛书法家蒋衡书字。
大明寺正门上额的“大明寺”三字是赵朴初集隋代《龙藏寺碑》而镌。
大明寺最有特色的建筑是鉴真纪念堂，纪念堂是根据周恩来总理的指示，为纪念鉴真法师圆寂一千二百周年，由梁思成设计，共包括碑亭、长廊和纪念堂三部分组成，仿日本奈良招提寺（鉴真主持建造，招提是梵语四方之意），于1963年中日两国纪念鉴真圆寂1200周年时奠基，1973年建成。除了国徽和人民英雄纪念碑，鉴真纪念堂是梁先生职业生涯中最后一个发表作品，也是梁思成生前唯一发表完整设计说明的作品。
碑亭内耸立着汉白玉须弥座横碑，正面为郭沫若所书“唐鉴真大和尚纪念碑”，背面为赵朴初撰书纪念鉴真圆寂1200周年的碑文和颂辞，加上设计师梁思成，因而被誉为当代的“三绝碑”。
院中立日本奈良唐招提寺森本孝顺长老所赠石灯笼，2007年温家宝总理在日本国会演讲时说：“在扬州大明寺内有一个石灯笼，它与日本唐招提寺的石灯笼是一对，至今还在燃烧着，象征着中日友谊长明不灭。”
纪念堂保持浓浓的大唐风韵，采用规格最高的庑殿顶，正脊的鸱吻向内弯曲，屋顶坡度平缓、出檐深远，简洁粗硕的斗拱，腰鼓柱、方棂窗都是典型的唐朝木构风格。
北宋庆历年间，欧阳修任扬州太守时建平山堂。堂前花木扶疏，庭院幽静，凭栏远眺江南诸山，恰与视线相平，“远山来与此堂平”，故称“平山堂”。堂前有联曰：“过江诸山到此堂下，太守之宴与众宾欢”，是欧阳修当年潇洒流运的生动写照。
后来苏东坡任扬州太守时，曾经三过平山堂，最后一次时恩师已经离世九年，而平山堂上恩师的墨宝尚存，所以作《西江月·平山堂》：“三过平山堂下，半生弹指声中。十年不见老仙翁。壁上龙蛇飞动。 欲吊文章太守，仍歌杨柳春风。休言万事转头空。未转头时皆梦。”
西园，一名御苑，始建于清乾隆元年（1736年），咸丰年间毁于兵火，同治年间重修，1949年后又多次重修。园中古木参天，怪石嶙峋，池水潋滟，亭榭典雅，山中有湖，湖中有天下第五泉。据唐人张又新《煎茶水记》所载，这里的泉水在当时被品评为天下第五。
