汇宗寺（蒙古语称“呼和苏默”，汉译“青庙”），因其殿顶覆以青蓝色琉璃瓦故名，是内蒙古藏传佛教中等级最高、宗教权力最大、活佛最多的寺庙。
清朝康熙二十七年（1688年），厄鲁特蒙古准噶尔部噶尔丹率军进犯喀尔喀。第一世哲布尊丹巴呼图克图以及土谢图汗察珲多尔济率各部南下归附清廷。清廷遂联合蒙古内外各部，共同征讨噶尔丹。征讨成功后，康熙三十年（1691年），清圣祖在多伦诺尔召集漠北以及漠南蒙古各部、旗王公举行会盟，史称多伦诺尔会盟。此次会盟对清朝稳定和统一北部边疆起到了重要作用。应蒙古各部、旗王公“愿建寺以彰盛典”的要求，清圣祖允准在多伦诺尔兴建一座大型藏传佛教寺庙。
寺庙建造工程的主持、设计者哲布尊丹巴活佛，是一位杰出的雕塑家和建筑师。在他的执事下，从京城和直隶地区调集所需的工匠，主要建筑材料基本上在当地解决。其中，方石、条石、汉白玉等石料大多取自元上都旧址，所需的砖瓦多数由老窑村烧制而成，琉璃瓦及鸱吻等装饰物件取自京城，所需的木料是从热河地区运来。
清康熙五十三年（1714年），康熙赐名“汇宗寺”，原意取自《尚书·禹贡》中的“汇汉朝宗于海”之意，并赐给满蒙汉藏四体文御制寺额和御制碑文，刻石立于寺内，追述多伦诺尔会盟及建寺经过。
清政府规定，从喀尔喀32旗（后来成为57旗）和内蒙古49旗（似及厄鲁特内蒙古各旗），每旗各派1名喇嘛来驻庙，共120人（实际各旗派来驻庙喇嘛400余人），汇宗寺成为内外蒙古藏传佛教的圣地。第二世章嘉呼图克图奉诏主持汇宗寺，并同时负责管理内蒙古佛教事务；第一世哲布尊丹巴呼图克图则负责主持漠北喀尔喀蒙古佛教事务，且“旨升哲布尊丹巴呼图克图为大喇嘛”。
章嘉呼图克图，也称为章嘉活佛，藏传佛教内蒙古地区历史上地位最为崇高的活佛，曾与外蒙古的哲布尊丹巴呼图克图并称为蒙古两大呼图克图（活佛），两者又与达赖喇嘛、班禅额尔德尼并称为“藏密四大活佛”，即藏传佛教四大领袖。
据传说，第一世的章嘉呼图克图阿罗汉尊达，为释迦文佛的弟子，降生印度，四世以前都转世在印度，五世以后转世在西藏和青海。
1945年，在第二次世界大战末期，苏蒙联军使用坦克撞击并推掀汇宗寺主殿未果，遂将主殿浇上汽油放火烧毁。1960年代，汇宗寺闲置无人管理后，成为国家粮食储备库专用仓库，俗称“大仓粮站”。由此，除了被苏蒙联军烧毁的主殿外，汇宗寺的大部分古建筑得以幸存，躲过了文化大革命的破坏。
汇宗寺建筑群以汉式建筑形制为主，建有影壁、天王殿、藏经楼等五进院落，设5个庙“仓”、1个牧场，即大吉萨仓、桑堆仓、丁科尔仓、农乃仓、土木图仓和都宫牧场。
主大殿高15米，与北京护国寺相仿，重檐歇山式，殿顶覆盖青蓝色琉璃瓦，滚龙脊造型，正脊上塑有风磨铜庙顶一个，密宗法轮金钢图一个，金羚羊二只，具有典型的清代中原建筑风格。
章嘉仓主大殿建筑规模仅次于汇宗寺主大殿，砖木结构为主，重檐歇山式，下层横七纵五，上层横五纵三，室内装修富丽堂皇。
